Le transport de la chaleur peut devenir problématique si l'utilisateur de la chaleur est trop éloigné de l'installation de biométhanisation. Dans ce cas, il est alors possible d'installer le cogénérateur principal sur le site de valorisation de la chaleur. Le biogaz est alors tout simplement transporté dans un réseau de biogaz et distribué à l'endroit souhaité. Un cogénérateur de faible puissance, ou une chaudière adaptée au biogaz, restent tout de même nécessaires à proximité de l'installation de biométhanisation afin de produire la chaleur nécessaire au maintien à température des ouvrages de fermentation.